北大附中创办于1960年，作为北京市示范高中，是北京大学四级火箭（小学-中学-大学-研究生院）培养体系的重要组成部分，同时也是北京大学基础教育研究实践和后备人才培养基地。首任校长由北京大学副教务长尹企卓担任 ，从北京大学各院系抽调青年教师组织附中教师队伍，建校伊始就秉承了北京大学爱国、进步、民主、科学的优良传统，大力培育勤奋、严谨、求实、创新的优良学风。
北大附中致力于培养具有家国情怀、国际视野和面向未来的新时代领军人才。他们健康自信、尊重自然，善于学习、勇于创新，既能在生活中关爱他人，又能热忱服务社会和国家发展。
2022年3月16日，北京大学党委任命马玉国为北大附中党委副书记、校长。实行党委领导的校长负责制。
2022年7月，北大附中实验学校转入由北京大学举办的北大附中公办校，校名不单独存在。
2022年8月底，北大附中2022年暑期战略研讨会，会议以“苦炼内功、提升品质，凝心聚力、再创辉煌”为主题，聚焦新的发展阶段下学校在教学和管理等方面工作的重点与挑战。
北大附中在高中教育阶段，创建学院制、书院制、选课制、走班制、导师制、学长制等多项教育教学组织和管理制度，开设劳动教育课程和综合实践课程，推进艺术、体育教育的专业化，探索线上线下结合的混合式学习，以学生为中心重构中学教育与学习模式，以国际化视野开创国内高中教育新格局。
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