建校80多年来，学校先后为国家输送了7万余名各个领域的骨干。他们中有20余位国家和省部级领导，有33位院士，有将军、教授、艺术家和经济学家等。国家领导人邹家华，中国科学院院长周光召，中国工程院院长朱光亚，国家自然科学基金会主任张存浩，著名科学家邹承鲁，著名经济学家吴敬琏、茅于轼，著名理论家郑必坚，著名词作家阎肃，南极科学考察队队长颜其德，“大爱铸忠魂”的中华信仰楷模冯理达，“翼龙”无人机设计师李屹东，中华骨髓库跨国捐髓第一人吴渝，抗震救灾中“最美的微笑”盛于峰，2009年感动重庆十大人物庹蓝兰，中国最美村官、感动中国2016年度十大人物秦玥飞等人都是重庆南开中学的校友。

重庆南开中学坚持党的教育方针，全面推进素质教育，不断提高教育质量。自20世纪80年代开始，南开中学就率先以课程设置改革为突破口，探索学校内涵发展、特色建设的新途径。目前学校已经建立起了有南开特色的“必修课－选修课－自修课”和“学科课程－活动课程－隐性课程”有机结合、相互补充的课程体系。并以“普通高中特色校本课程的开发与实践”研究成果获得了2014年国家教学成果奖一等奖。另获得重庆市教学成果奖一等奖4项，二等奖2项。南开中学每学期开设40余门选修课；特色活动课程“南开讲坛”定期邀请著名高校校长、院士、专家、社会知名人士等前来演讲，每周一次，已达298讲；正式出版了《南开大讲堂》第一辑、第二辑，学术期刊《新课程 新教材》5期。

学校的体育、艺术、科技活动丰富多彩，成果突出。女子篮球、田径、排球、足球、网球、板球、棒球、高尔夫球、乒乓球、跆拳道、国际象棋等运动队，在各种竞技中屡创佳绩。群众体育活动丰富多彩，每年一届的全校运动会，高一年级的篮球联赛、高二年级的足球联赛、高三年级的排球联赛，以及自2012年开始改革的课间操，都受到全校学生真切期盼。艺术方面，合唱、民乐、管乐、舞蹈等团队有着很高的表演水平，多次获奖。每年组织艺术活动月，通过艺术特长生专场汇报演出、年级歌咏比赛、学校迎新晚会、雷雨话剧节、电波达人校园歌手大赛等活动，使全校师生体验艺术魅力，增强艺术修养。科技活动丰富多彩，2005年以来，6人荣获中国青少年科技创新奖，34人获得重庆市青少年科技创新市长奖或市长奖提名奖， 90余人次获国家级科技创新奖项，近600名学生在各种科技比赛中获得奖励，校园里洋溢着蓬勃的创新气息。

南开中学秉持“允公允能，日新月异”的校训，坚持以培养高层次、高素质、创新型人才为方向，使学生既具备世界眼光，又有中国情怀；既全面发展，又学有特长。由于出色的办学业绩，重庆南开中学被誉为“中学里的大学”和“办中学的一面镜子”，2017年11月被中央文明委授予“全国文明校园”荣誉称号。